De FIDIN is een vereniging waarvan producenten en importeurs van diergeneesmiddelen lid kunnen worden. Het bestuur van de FIDIN wordt door de ledenvergadering gekozen uit de directies van de aangesloten ondernemingen. Leden van het bestuur worden benoemd voor een termijn van drie jaar. Om de continuïteit te waarborgen, rouleert het voorzitterschap. De FIDIN wordt bijgestaan door een onafhankelijk bedrijfsjuridisch adviesbureau Brabers, dat tevens het secretariaat uitvoert. Binnen de organisatie zijn specifieke werkgroepen en commissies ingesteld met ieder een eigen werkterrein.

Sinds enkele jaren werkt de FIDIN met een vrij strakke structuur. De activiteiten worden duidelijk ondergebracht onder de noemers Registratiezaken, Veterinaire Zaken, Distributie & Logistiek en PR. Hoewel de portefeuilleverdeling binnen het bestuur al enige tijd geldt, is in de jaarvergadering van de FIDIN in juni 2001 besloten om deze bestuursverantwoordelijkheid per portefeuille duidelijker in de organisatiestructuur tot uitdrukking te laten komen. De portefeuilleverdeling wordt elk jaar opnieuw vastgesteld.